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国产chinese男男gay视频网 转录组Count风光数据涟漪为FPKM/TPM风光发布日期:2022-05-11 14:21    点击次数:200

国产chinese男男gay视频网 转录组Count风光数据涟漪为FPKM/TPM风光

好多时辰咱们获取的转录组风光为Count,举例在TCGA数据库下载的数据国产chinese男男gay视频网,淌若咱们想使用FPKM风光大致TPM,那么就需要编削,不外TCGA数据库也提供了FPKM的风光,貌似miRNA数据唯有Count风光数据,淌若想使用FPKM,就需要进行风光编削。

1、蓄意基因的长度,不错蓄意基因在染色体的肇端和截至之差,也不错蓄意每个基因的最长转录本或整个外显子之和:

a、蓄意基因在染色体的肇端和截至之差需要用到R包biomaRt,安设风光如下:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("biomaRt")

b、蓄意每个基因的最长转录本或整个外显子之和需要用到R包GenomicFeatures,安设风光如下:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("GenomicFeatures")

2、获取基因长度的文献之后,使用R读取基因长度文献与被编削风光文献,按照底下的公式进行编削

a、Count2FPKM

count2fpkm <- function(countnum, genelen){ total <- sum(countnum) exp( log(countnum) + log(1e9) - log(genelen) - log(total) )}fpkm<- apply(count_data, 2, count2fpkm, genelen = gene_l$gene_l)fpkm_df<-data.frame(fpkm)colnames(fpkm_df)<-colnames(count_data)write.table(fpkm, "fpkm.txt", sep="\t", quote=F, row.names=T)

b、Count2TPM

n <- count_data / gene_l$gene_ltpm <- t( t(n) / colSums(n) ) * 1e6 tpm<-data.frame(tpm)write.table(tpm, "tpm.txt",爆乳肉体大杂交soe646下载 sep="\t", quote=F, row.names=T)

c、FPKM2TPM

真实情况是发生了强赎公告或者临近到期还款才会出现集中的债转股,虽然依然也有人会直接卖出,但剩余份额不会因此减少,总有人要接住这个烫手的山芋,只有转股才能让剩余份额降低。

二,天天琢磨交易技术选择进场方向的人的交易成绩,比不上那些不懂交易技术用抛硬B选择方向以小博大的人的交易成绩。在交易的世界里,越是简单直接越容易赚钱,越是懂得很多想得很多的人越赚不到钱。

FPKM_data<-read.table("fpkm.txt",header = T,row.names = 1)fpkm2tpm <- function(fpkm){ exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))}tpm2 <- apply(FPKM_data,2,fpkm2tpm)write.table(tpm2,"tpm2.txt",sep="\t", quote=F, row.names=T) 本站是提供个人学问处理的网络存储空间,整个实质均由用户发布,不代表本站视力。请珍重甄别实质中的相关风光、考虑购买等信息,严防糊弄。如发现存害或侵权实质,请点击一键举报。